ความหลากชนิดของพันธุ์ปลาในพื้นที่แม่น้ำแม่กลองตอนล่าง โดยใช้อวนทับตลิ่งและสวิงในการเก็บตัวอย่างปลา พบพรรณปลาทั้งหมด 21 วงศ์ 37 ชนิด โดยมีวงศ์ Cyprinidae เป็นวงศ์เด่นในด้านของจำนวนชนิด พบ 8 ชนิด ได้แก่ ปลาสร้อยนกเขา (Osteochilus vittatus) ปลาซ่า (Labiobarbus siamensis) และปลาเสือข้างลาย (Puntius partipentazona) เป็นต้น รองลงมาเป็นวงศ์ Gobiidae พบทั้งสิ้น 6 ชนิด ได้แก่ ปลาบู่ (Acentrogobius sp.) ปลาบู่หมาจู (Brachygobius sp.) และปลาบู่ (Stigmatogobius sp.) เป็นต้น โดยส่วนใหญ่ประชากรปลามีความหนาแน่นเฉลี่ยอยู่ในช่วง 664 – 736 ตัว/ไร่ ยกเว้นในช่วงฤดูฝนจะพบปลาแป้นแก้วทะเล (Ambassis vachellii) เพียงชนิดเดียวที่มีปริมาณโดดเด่น คิดเป็นร้อยละ 62 ของปริมาณตัวอย่างปลาทั้งหมด