รายชื่อบทความงานประชุมวิชาการระดับชาติ ครั้งที่ 13 (มหาวิทยาลัยราชภัฏนครปฐม)
ระหว่างวันที่ 8 – 9 กรกฎาคม 2564 รูปแบบออนไลน์
| ชื่อบทความภาษาไทย |
การวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน ITS2 ในมันสำปะหลังเพื่อใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ด |
| ชื่อบทความภาษาอังกฤษ (Title) |
Nucleotide Sequence Analysis of ITS2 Gene in Cassava for DNA barcode |
| ชื่อผู้เขียนภาษาไทย
(Authors TH) |
นายธีรวุฒิ วงศ์วรัตน์  , |
| ชื่อผู้เขียนภาษาอังกฤษ (Authors EN)
|
Theerawut Wongwarat , |
| บทคัดย่อภาษาไทย |
งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในสร้างดีเอ็นเอบาร์โค้ดของมันสำปะหลังจากลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน ITS2 พันธุ์มันสำปะหลังที่ใช้ศึกษาจำนวน 17 พันธุ์ มีข้อมูลลักษณะประจำพันธุ์ถูกต้องตรงตามพันธุ์ ตัวอย่างเหล่านี้ถูกเก็บรักษาพรรณไม้แห้งไว้ที่พิพิธภัณฑ์พืชสิรินธร กรมวิชาการเกษตร ดีเอ็นเอที่สกัดได้จากมันสำปะหลังแต่ละพันธุ์ถูกนำมาใช้เป็นสารพันธุกรรมต้นแบบในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอโดยใช้ไพรเมอร์สากลที่จำเพาะบริเวณของยีน ITS2 ด้วยเทคนิคปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอเรส ได้ผลผลิตชิ้นดีเอ็นเอจากทุกตัวอย่างมีขนาด 317 คู่เบส มีความเหมือนกันกับลำดับนิวคลีโอไทด์ของมันสำปะหลัง (Manihot esculenta Crantz) บนฐานข้อมูลสากล GenBank 99.05-100 เปอร์เซ็นต์ มีตำแหน่งลำดับนิวคลีโอไทด์ที่ผันแปรทางพันธุกรรมระหว่างพันธุ์จำนวน 5 ตำแหน่ง ซึ่งแสดงถึงความเป็นเอกลักษณ์ของพันธุ์ ลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งหมดที่ตรวจสอบความถูกต้องแล้วจะถูกเก็บไว้ที่ฐานข้อมูลสากล GenBank เมื่อพิจารณาแผนภูมิความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมโดยใช้ยางพาราเป็นตัวอย่างนอกกลุ่ม พบว่าสามารถแบ่งออกเป็น 3 กลุ่ม และแยกพันธุ์ห้านาที ระยอง 3 และระยอง 72 ออกจากพันธุ์อื่น ๆ ได้ การนำลำดับนิวคลีโอไทด์จากมันสำปะหลังที่เก็บมาจากแหล่งปลูกต่างๆ จำนวน 50 ตัวอย่าง ที่มีลักษณะประจำพันธุ์ตรงกับพันธุ์ระยอง 72 และ เกษตรศาสตร์ 50 เมื่อเปรียบเทียบกับลำดับนิวคลีโอไทด์ในฐานข้อมูลสากล GenBank พบว่าข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์มีความเหมือนกัน 100 เปอร์เซ็นต์กับลำดับนิวคลีโอไทด์ของระยอง 72 และเกษตรศาสตร์ 50 ที่เก็บไว้ในฐานข้อมูล แสดงให้เห็นว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน ITS2 เป็นบริเวณที่มีความเหมาะสมในการใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ดชนิดหนึ่งของมันสำปะหลังได้ สามารถนำไปใช้เป็นดีเอ็นเอบาร์โค้ดเพื่อเป็นเครื่องมือจำแนกระดับพันธุ์ของมันสำปะหลัง แต่ควรใช้ร่วมกับดีเอ็นเอบาร์โค้ดอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจำแนก และนำเอาไปใช้ประโยชน์ในงานวิจัยโดยเฉพาะด้านงานการอนุรักษ์พันธุกรรมและปรับปรุงพันธุ์
|
|
| คำสำคัญภาษาไทย |
มันสำปะหลัง, ลำดับนิวคลีโอไทด์, ดีเอ็นเอบาร์โค้ด |
| Abstract |
This research aimed to study of construct DNA barcode based on nucleotide sequence of ITS2 gene. In this study, 17 cassava cultivars were recorded the characteristics that their decided the correct naming of each cultivar. These cultivars were made herbarium specimen and remained in Bangkok Herbarium (BK), Department of Agriculture. DNA extracts from each cultivar used as a template for amplified and universal primer, matching ITS2 region using polymerase chain reaction technique. The sequences length of DNA fragment were 317 base pairs in all samples. Sequencing analysis was compared with GenBank. The nucleotide sequences showed a value of 99.05 to 100 percent similarity of gene among M. esculenta Crantz. The ITS2 sequences found the variation among cassava cultivars contain unique signatures at 5 nucleotide positions. All sequences were validated and deposited in GenBank. When analysis the phylogenetic tree using rubber as an outgroup, results presented that could effective divided of 3 groups and distinguished Hanatee, Rayong 3 and Rayong 72 from cassava cultivars. 50 samples from several crops have accurate characteristics as Rayong 72 and Kasetsart 50. All samples were collected and were successfully DNA extracted and nucleotides sequenced. The ITS2 nucleotide sequences were determined alignment search tool of GenBank. The result found that nucleotide sequence data were highly similar (100 percent) to deposit nucleotide sequences of Rayong 72 and Kasetsart 50 into GenBank. Results suggested that ITS2 sequences facilitates independent assessment one of DNA barcode as an effective tool for cassava cultivar identification. However, a combination with other DNA barcode could increase effective identification. This research information can be applied to research, especially plant genetic conservation and breeding.
|
| Keyword |
cassava, nucleotide sequences, DNA barcode |
| กลุ่มของบทความ |
ชีววิทยา เกษตร และอาหาร |
| รูปแบบการนำเสนอ |
Poster |
| รูปแบบของบทความ |
บทความวิจัย |
| Publication date |
8 - 9 กรกฎาคม 2564 |
|
|